此外，目前在国外一流大学获得学士学位的学生无法被录取为直博生，造成不少优秀生源流失。据《2019年度美国门户开放报告》显示，2018—2019年间，中国大陆留学美国总人数为369548人，占美国国际学生总数的33.7%，其中本科生有148880名，研究生有133396名。随着美国对我国高端科技封锁和制裁加剧，这些研究生有望成为我国实施创新驱动发展战略、抢占科技战略制高点的重要资源，因此，亟须推进博士研究生、特别是直博生的招考机制改革，支持留学生回到国内继续深造。
博士生学制安排趋同化，创新能力与国家战略需求结构不相匹配，培养环节有待贯通。当下，我国不同类型、不同专业的博士生学制安排存在一定程度的趋同化现象。比如，不少大学的工程专业学位博士与工学博士的培养方案差异不大，导致了我国博士研究生培养模式的机械化与相对单一化，博士生创新能力与国家科技创新结构及战略需求显著不适应，亟须在博士研究生培养体系和学制安排中做出调整。
长期以来，我国硕士和博士研究生在培养目标、课程体系、实践实训体系、过程管理、学位论文撰写、出口标准等环节上相对独立，一定程度上造成了学习环节的重复设置，延长了学习时间，降低了培养效率。当前以硕博连读为主要类型的贯通式培养项目和中外合作培养项目，多由不同院系或高校在不同阶段进行“接力式”培养。受到不同高校院系师资力量和培养理念的影响，在学习环境、学习内容、教学模式等方面存在较大差异，未能实现真正的“贯通”培养，影响了博士生培养效率与培养质量。
此外，我国大多数高校在设计博士生贯通培养流程时缺乏动态分流的有力抓手，课程考核、中期考核、实践考核、资格考试等环节的质量监控手段多流于形式，博士生贯通培养的分流淘汰机制建设滞后、执行乏力。据2019年对全国410个博士培养单位的调查数据显示，有211个单位未制定分流淘汰办法。在制定了中期分流淘汰办法的199个单位中，也仅有19个有明确的分流淘汰比例，其中至少有11个单位几乎没有实现真正的分流淘汰。