如何平衡学术事业与生意或许是知网的最大难题之一。当学术事业的社会效益和上市公司的学术生意发生冲突，这种困扰显得尤为格外刺眼。
最近官方媒体和社会公众同时对知网发出了激烈批评。不少学生评论“天下苦知网久矣”。官媒也直指要害：人民日报评论知网需要刷新经营，多些公益性、少些铜臭味；央视网直指知网“借鸡生蛋”的生意要改改。实际上，这些批判是在提醒涉事公司：多一些事业公心，少一点生意算计。即处理好“企业化经营”和“事业化管理”的关系。事实表明，这并不容易。
双轨制下的困局
知网的特殊性质导致了它特殊的运营和发展方式。批判知网的同时，也要注意这种特殊的前提。
知网也叫CNKI（China National Knowledge Infrastructure）是国家知识的基础设施工程的英语缩写。而此次讨论的知网是“《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司”，也是对赵教授道歉声明的公司，其实际控制人是作为事业单位的学校。它不仅是我国目前唯一授权正式出版博士学位论文的学术电子期刊，而且也是众多核心学术期刊的电子出版方。这不仅使得它得到了众多科研院校的支持，低价获得各种论文，成为中国最大的学术论文数据库。而且，学术用户非常依赖知网来检索论文和传播论文，自然熟悉其“事业化管理”的属性。
但是，也不要忽视知网和上市公司的关系，以及它“企业化经营”的另一面。
经过一些列操作，“《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司”的管理权和经营决策权被交给上市公司同方股份方面负责，进行“企业化经营”。其官方说明是“作为清华控股有限公司受让《中国学术期刊（光盘版）》电子杂志社有限公司出资权益的附加条件，同方知网数字出版技术股份有限公司同意接受清华控股有限公司委托，代为行使电子杂志社的管理权和经营决策权”（来源：同方股份有限公司2020年年度报告）。从电子杂志社到同方知网，是一种特殊的处理，这和传媒业的双轨制——“企业化经营”和“事业化管理”模式非常类似。