比如在2000年，北京医科大学与北京大学进行了合并，前者如今成为了北京大学医学部。
北大医学部独立于北京大学进行招生，学生需于大一、大二进入北京大学本部学习基础公共课程之后，方能转入北大医学部进行专业深造，然而在学制、学位的转化方面都应按照医学部的要求执行。
除此之外，以下几个综合性大学的医学部也比较有名：
复旦大学上海医学院(原上海医科大学)
2000年4月27日上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学医学院。目前医学院有11个学院（部）、8个本科专业；有7个博士后流动站，30个博士学位授予点、44个硕士学位授予点。
上海交通大学医学院(原上海第二医科大学)
上海第二医科大学由圣约翰大学医学院、震旦大学医学院、同德医学院于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了上海交通大学医学院。
东南大学医学院
东南大学医学院前身为创建于1935年的中央大学医学院，其后又历经南京大学医学院、中国人民解放军第五军医大学、南京铁道医学院等重要时期。
第二类与地方政府合作
由学校本部与地方政府合作开办，隶属于“本校”却基本独立运行的“分校”。
此类“分校”由于相关政策有待完善，在性质认定的方面存在较大差异。例如，北京师范大学珠海分校是由北京师范大学与珠海市政府合作建立，教学方面长期引进本部教师进行合作，分校党委书记由本部党委副书记兼任。
虽然北京师范大学珠海分校官方始终不承认珠海分校为独立学院（本科第三批），而称之为“按独立学院方式运作”，但实际在教育部，珠海分校已被归类为独立学院，并且连续六年参加了全国独立学院排名的评选。