为了保障“营转非”工作有序进行，教育部表示将加强组织保障工作：
（一）加强组织实施。各地教育行政部门要会同民政、市场监管等相关部门迅速成立联合工作组，明确时间表、路线图，制定专项工作方案和工作流程，统筹协调推进面向义务教育阶段学生的学科类校外培训机构登记工作。民政部门要做好非营利性培训机构法人登记工作。市场监管部门要做好原有营利性培训机构变更、注销工作。
（二）建立预警机制。各地在推进培训机构登记为非营利性机构的过程中，要切实加强调查研究，及时摸排可能存在的风险因素，科学制定风险防控应急预案，督促机构妥善做好存量课程消化、相关人员安置等工作。对工作中出于规避政策调整而发生的各类违规处置资产、侵害学生和教学人员合法权益以及其他影响社会稳定的行为，要及时采取措施加以干预和制止，以疏导堵点、化解矛盾、防范风险。
（三）压实工作责任。各地要严格监管，对于举办者未选择非营利性法人登记，又不主动停止培训活动的机构，在规定时限内依法终止其办学资格。对于未经许可擅自开展学科类培训活动的培训机构，要加大打击和查处力度，严格责令停止培训活动、退还所收费用。要建立问责机制，将培训机构登记为非营利性机构工作纳入督查范畴，对责任不落实、措施不到位的相关单位及责任人严肃问责，确保工作按期完成。