“大部制”将部门之间的协调转化为部门内部的协调，提高了工作效率。但这个过程涉及很多干部的进退留转。廖允成说：“退出职务的管理人员将转为相应职级职员，学校在职务之外开辟了职员等级晋升通道。”
“院办校”改革也是一项重要举措。目前，国内大学普遍实行垂直管理模式，人、财、物等办学资源高度集中在学校层面。院校合署改革后，山西农业大学将10个整合学院和18个研究机构作为改革试点，赋予学院人事管理、财务资产、教育教学、科研管理、学科建设等方面40多项自主权，构建了二级机构的法人治理模式，真正实现“学院办大学”。
为了确保学院接得住权、用得好权，山西农业大学正逐步建立学院行政运行机构和学术权力运行机构，完善配套制度。廖允成说：“3年过渡期后，我们将实现从政府主导合署到形成内生动力的转变，努力建成国内一流、国际有影响、地域特色鲜明的高水平研究应用型大学。”