博士生培养投入结构单一、待遇偏低，经费保障有待进一步加强。我国大学以公立为主，办学经费长期依赖国家财政投入，经费结构相对单一，直接投入博士生培养的比例相对有限。当前，我国高等教育财政经费投入基本遵循“基本支出+项目支出”的管理模式，灵活性与适应性不足，造成贯通培养模式下的弹性化学习时限难以与财政资源完全契合。据统计，我国博士生延期毕业率在40%以上，不同学科差异较大，博士生在超出正常毕业年限后的资助和住宿等资源缺乏应有保障。
此外，相对于经济发展速度，我国博士生的津贴增长相对滞后、待遇相对偏低。同时，由于信息不对称、监督不到位等多种原因，一定程度上还存在着博士生助研助教经费发放不及时、不足额问题。因此，亟须建立一套与博士生弹性学制相适应的财政拨款和经费保障制度，使广大博士生体面生活、潜心学术。
多措并举，加快推进博士研究生统筹招生贯通培养
扩大高校办学自主权，推进统筹招生，进一步拓宽选才范围。一方面，允许各高校根据国家战略、产业需求、高校办学定位、学科特点和资源条件等，统筹招生计划，自主确定研究生培养类型和培养模式。允许部分高水平大学试点实施调节性博士生招生计划。同时，尊重不同学科、专业的内在发展规律，制定差异化的学制标准，允许各高校在标准线上下浮动。另一方面，要进一步优化招录方式，不断拓宽选才范围。建议进一步深化实施“申请—考核制”，充分调动培养单位的积极性和自主性，鼓励培养单位根据学科特点制定评价标准，设置多样化的直博项目、硕博连读项目，提高研究生贯通式培养水平。允许海内外获得学士学位的留学生通过“申请—考核”方式进入博士研究生培养项目。