然而，新高考改革的风口红利维持的时间很短，新冠疫情下，教培机构面临着巨大的冲击，而豆神的生存处境比其他教培机构都更为艰难。
除了外部的因素，豆神教育在战略选择和内部管理上也出现各种失误。
一位豆神教育的员工透露，不同于学而思转线上授课时采取的“原授课老师、原上课时间、原课程内容”的“三不变”原则，豆神教育的大语文业务将原来的小班全部整合为大班，几十个学生变成上千名学生，由核心教师线上直播授课，而其他老师则变成了客服和班主任的角色。
“就因为这件事儿，当时有不少家长都退费了，授课老师也走了不少，可以说是窦昕第一次大张旗鼓地自己给自己挖了个坑。”上述员工说。
2020年开始，豆神教育的授课教师开始背负拉新任务，每个月必须达标才有提成。后来，豆神教育又出台了“甩班赔钱”的制度，没上完课离职的老师需要向公司赔钱。
郑为也提到，公司一度提出裁员，让各主管提交了裁员名单，并且详细写明谁留下谁离开。但开会时却是另外一个议题，变成了直接下发裁员指标，而最后落地时也没有执行，“一切都在靠感觉走。”
在很长一段时间，豆神教育也没有形成“专业人做专业事”的管理文化。“大语文的每个高管都认为自己是全能的”，郑为告诉AI财经社。大语文的高管经常熬到后半夜，既要备课、上课，又要做调研，还得做管理，“都说自己很辛苦，这其实是职能和角色定位不清楚导致的。”
豆神教育大语文团队一度想学习好未来，将做业务和做管理的职能分开，但由于涉及薪酬结构问题，课时费成为中高层收入的重要组成部分，这一计划最终被搁置。
“窦昕上课非常优秀，但不适合当一位企业家。”一位豆神教育员工对AI财经社说。窦昕会上课，但缺少管理能力。